Kejaksaan Negeri Bulungan dahulu bernama Kejaksaan Negeri Tanjung Selor dibentuk berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 78 Tahun 2000 tentang Pembentukan Kejaksaan Negeri Gunung Sugih, Kejaksaan Negeri Sukadana, Kejaksaan Negeri Blambangan Umpu, Kejaksaan Negeri Masamba, Kejaksaan Negeri Tanjung Selor dan Kejaksaan Negeri Timika, yang berkedudukan di Tanjung Selor Kabupaten Bulungan Provinsi Kalimantan Timur, kemudian pada tahun 2016 berubah nama menjadi Kejaksaan Negeri Bulungan berdasarkan Keputusan Jaksa Agung Republik Indonesia Nomor: KEP-349/A/JA/05/2016 tentang Perubahan Nama Kejaksaan Negeri dan Cabang Kejaksaan Negeri dengan kedudukan tetap di Tanjung Selor, Kabupaten Bulungan, Provinsi Kalimantan Utara. Dengan wilayah hukum yang terdiri dari 9 Kecamatan di antaranya Kecamatan Bunyu, Peso, Peso Hilir, Sekatak, Tanjung Palas, Tanjung Palas Barat, Tanjung Palas Tengah, Tanjung Palas Timur dan Tanjung Selor.